El 17 de Abril de 1896, los Hermanos Menores Capuchinos fundaron el Convento de Pasto en el sector del hoy Parque de Santiago de Pasto.

Los capuchinos fueron ampliando su presencia en Colombia desde el sur, cuando crearon una estación misional en el Chocó, también en el mismo año.

En 1901, la custodia provincial de Ecuador – Colombia ordena la creación de residencias misioneras con dos padres y un hermano en cada una: en Mocoa, Sibundoy, Santiago, La Laguna y Florencia, su capital, fundada por el misionero capuchino Doroteo de Pupiales.

Los capuchinos prosiguen su presencia muy activa misionera siendo muy conocidos, respetados y acogidos en el sur, haciéndose tan populares como en Italia, su país de origen.

Los padres capuchinos se han caracterizado por su espíritu de servicio y dinamismo en la predicación, el apostolado, la promoción y educación de la niñez y la juventud.

En 1947, con entusiasmo y optimismo, el padre Damián de Odena impulsa el seminario Seráfico, ubicado donde actualmente funciona el Instituto San Francisco de Asís (ISFA).

El padre Ambrosio de Rosario es el gestor y ejecutante en la entrega de la custodia de Colombia a los Hermanos Menores Capuchinos de la provincia de Palermo en el año de 1951.

En cuanto a la promoción social del pueblo, en Pasto surge la mejor obra de educación y promoción de la juventud de escasos recursos en el sur de Colombia, llamada hoy, con orgullo y admiración, Asociación Escolar María Goretti, fundada por el padre Guillermo de Castellana. Como un monumento de educación y progreso se levanta su magna obra en la Colina Goretti, antes El Cerillo.